A área de concentração em Conservação envolve pesquisadores e linhas de pesquisa que visam compreender diferentes aspectos da Ecologia de populações, comunidades e ecossistemas, visando o desenvolvimento de conhecimento básico e aplicado a ações e programas voltados para conservação e manejo de organismos e ecossistemas. Esses estudos também visam a avaliação de impactos ambientais e a recuperação de áreas degradadas, tendo como área-foco a região Sudeste do Brasil, em especial a Floresta Atlântica e seus ecossistemas associados.
Especialmente devido a posição estratégica da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro em meio a fragmentos da Floresta Atlântica e a um grande número de unidades de conservação, a área de concentração em Ecologia e Conservação tem atuado de forma mais direta na região centro-sul fluminense, aonde diferentes projetos vem sendo realizados por seus pesquisadores e grupos de pesquisa. Muitos desses projetos obtiveram financiamento de várias agências de fomento, ONGs e Consórcios Governamentais nos últimos anos (CNPq, FAPERJ, PRODETAB, WWF, Pró-Natura, Fundação O Boticário, PRONEX 2 e PRONEX 3), envolvendo alunos do Mestrado e Doutorado do PPGCAF e permitindo a realização de dissertações e teses com temas pioneiros.